نظراً لمواكبة التطور الكبير الذي تشهده جامعة المؤسس وتماشياً مع الخطة الاستراتيجية للجامعة ، فقد تم إدارج إدارة التشغيل والصيانة إلى الإدارة العامة المرافق ، الأمر الذي جعل الادارة العامة للمرافق واحدة من أكبر الادارات بجامعة المؤسس وتضطلع بالكثير من المسؤليات المناطة على عاتقها كما أصبح للإدارة دور هام ومسئوليات متعددة في كافة أرجاء الجامعة .

وتتلخص أبرز مهام الإدارة في :

1. الإشراف على إعداد الخطة السنوية للصيانة الوقائية ، والصيانة الطارئة وتنفيذها.
2. تطبيق نظم وتقنيات حديثة مناسبة وفاعلة لصيانة وتشغيل مباني ومرافق المدن الجامعية والمواقع التابعة لها.
3. إعداد البرامج اللازمة للمحافظة على منشآت ومرافق المدينة الجامعية واتخاذ التدابير اللازمة لضمان تنفيذها.
4. تحديث وتطوير المواصفات الفنية لعقود صيانة المرافق والإشراف على تنفيذها.
5. تدعيم وتحديث المشتل بأنواع متعددة من النباتات لتزيين مرافق الجامعة الداخلية والخارجية.
6. صيانة المناطق المزروعة بالجامعة وتحسين مستواها بإظهارها بالشكل الجمالي.
7. الإشراف على أعمال التشغيل وصيانة المرافق والمباني والمنافع العامة والترميمات والنظافة والزراعة.
8. إعداد التقديرات لميزانيات الإدارة العامة للمرافق.
9. تقويم أداء الإدارات والأقسام التابعة وموظفي الإدارة العامة للمرافق.
10. إعداد وتطبيق الإجراءات التصحيحية والوقائية لحالات عدم المطابقة والمخالفات والسلبيات.
11. إنشاء قاعدة بيانات ومعلومات عن أعمال كل إدارة تابعة.
12. إعداد تقارير دورية عن أعمال الإدارة والإدارات التابعة لها.

كما تسعى الادارة العامة للمرافق لنيل قصب السبق في تأمين كل سبل الراحة والسلامة والرفاهية لطلاب الجامعة ومنسوبيها الكرام .